Корректно: В то время как рос и украшался Петербург, по-своему изменялась и Москва.

Да, у многоточия в русском письме несколько функций. Внутри предложения многоточие может использоваться для передачи прерывистого характера речи, для передачи затрудненности речи, для указания на несовместимость значений слов, на необычность, алогичность их сочетания. Но такое употребление многоточия встречается, как правило, в художественных текстах или в публицистической речи, в то время как употребление многоточия для обозначения пропуска слов при цитировании характерно для научного стиля.

Те правила правописания, которые размещены на нашем портале и параграф из которых Вы привели, – это «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года, официально действующие и поныне. Справочники по правописанию Д. Э. Розенталя полностью основаны на этом своде правил, представляют собой своего рода расширенный комментарий к ним (как есть конституция – тонкая брошюра и комментарий к конституции – толстая книга). Поэтому противопоставлять «Правила» 1956 года и справочники Розенталя нельзя: речь идет об одних и тех же письменных нормах.  «У Розенталя все четко и понятно» потому, что правила правописания в его справочниках описаны более детально и проиллюстрированы бОльшим количеством примеров.

Такой вариант пунктуации возможен при соответствующей интонационной паузе.

В доступных нам справочных изданиях не содержится прямого запрета на подобные сокращения. Такая рекомендация может быть обусловлена тем, что при записи М. Х. Кларк читателю будет непонятно, мужчина это или женщина, в то время как имя Мэри позволяет судить об этом более определенно. Но если нет возможности написать имя полностью, употребление сокращения, на наш взгляд, допустимо.

Запятая поставлена правильно.

Запятую ставить не нужно, слова "в то же время" избыточны.

У слова цукини уже есть словарная фиксация. «Русский орфографический словарь» РАН (печатное издание: М., 2005) фиксирует написание цукини. Этот вариант и следует считать нормативным.

Следует ориентироваться на рекомендации орфографического словаря. Правильно: мерчандайзинг, мерчандайзер.

В действительности оба примера употребления деепричастия не вполне корректны. Дело в том, что обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом, синонимично обстоятельственному придаточному предложению, в Ваших примерах – придаточному с временнЫм значением (с союзом "когда"): Когда он стал демонстративно собирать свои вещи, он обиделся (Что звучит странно, не правда ли?).

Второе же предложение (Он долго учился, в результате став прекрасным специалистом) и вовсе невозможно, нужно сказать: Проучившись долго, он в разультате стал прекрасным специалистом.