Вероятно, Вам могли рассказывать о предположительной этимологии фамилии, описанной в словаре «Русские фамилии» Ю. А. Федосюка: 

МУСОРГСКИЙ. Родоначальником знаменитого композитора М. П. Мусоргского был Роман Васильевич, по прозвищу Мусoрга. В фамилии ударение изменилось. «Мусyргос» по-гречески – певец, музыкант. Не отсюда ли прозвище предка, как нельзя лучше оправдавшее себя в фамилии потомка?

Звуки принято писать в квадратных скобках. 

Вы правы, правило часто формулируется так, что под него нельзя подвести слова с двумя приставками типа подызносить. Однако академические правила (то есть наиболее полные, детальные) учитывают данные слова. См. Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина, § 12, п. 2.

В справочниках запрета на конструкцию «П, — а, — п», — а. нет, как нет и соответствующих примеров. Вряд ли предложение, построенное по этой схеме, будет удачным.

В приведенных Вами вопросах речь идет о похожих, но все же разных ситуациях. 

1. Предложения со схемой А: «П?», где прямая речь — вопросительное предложение. Приведем примеры.  

Смотрю вслед ему и думаю:«Зачем живут такие люди?»

Только один раз мы встречаемся с Лукьян Лукьянычем (я ещё его не знал тогда), он и говорит: «За кем вы здесь волочитесь?»

2. Предложение имеет ту же схему А: «П?», но прямая речь, представляющая собой вопросительное предложение, содержит название, заканчивающееся вопросительным знаком.

Он меня спросил: «Ты читал роман "Что делать?"»

Если бы название было включено в прямую речь — повествовательное предложение, то точка бы стояла. 

Он сказал мне: «Я не читал роман "Что делать?"».

Корректно написание со строчной буквы. 

Написание некорректно, в данном случае местоимение нужно писать со строчной буквы. Местоимения вы, ваш пишутся с прописной буквы в следующих случаях:

1) для выражения вежливости при обращении к одному конкретному лицу в письмах, официальных документах и т. п., напр.: Поздравляем Вас..., Сообщаем Вам...; в ответ на Ваш запрос...;

2) в текстах, предназначенных для многократного использования, типа анкет, рекламы, листовок;

3) при официальном титуловании в сочетаниях Ваше (Его, Ее) Величество, Ваше (Его, Ее) Высочество.

Правилами допускается писать с заглавной буквы неполное неофициальное название. 

Данная грамматическая проблема описана в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, см. п. 5.

Л. К. Граудина, В. А. Ицкович и Л. П. Катлинская в «Словаре грамматических вариантов русского языка» (М., 2008) отмечают, что аббревиатуры ВАК, ГОСТ, МХАТ, ВГИК, ТЮЗ, СПИД, ОМОН в настоящее время практически употребляются как цельнооформленные склоняемые слова и лишь в редких случаях как несклоняемые аббревиатуры. Единообразия действительно нет.