Верно: сотрудник базы-филиала (находится на рабочем месте).

Правильно: График посещения (кого?) психолога (кем?) сотрудниками...

Ни запятая, ни какие-либо другие знаки в этой позиции (между подлежащим и сказуемым) не нужны. 

Запятая после слова клиента не требуется.

Правильно: чоповец. Суффиксальные производные от звуковых аббревиатур пишутся только строчными буквами.

Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Тог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области.

При этом в сочетаниях экс-сотрудник ЦРУ, экс-глава ФСИН вторая часть сложного слова представлена одним словом (сотрудник, глава), т. е. возможно самостоятельное употребление сочетаний экс-сотрудник, экс-глава. Таким образом, правило о замене дефиса пробелом не распространяется на эти слова.

Здесь сочетание в свою очередь употреблено в роли члена предложения в значении «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь» и не требует обособления, см. «Справочник по пунктуации».

Предложение построено неверно. Правильно: О прекращении доступа сотрудника к государственной тайне.

Мужская фамилия Браташ склоняется. По законам русской грамматики склоняются все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный звук (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных, Долгих). Это правило можно найти в любом нормативном справочном пособии по русскому языку, где есть раздел о склонении собственных имен.

Бумажный носитель документов - это, конечно же, страшный канцеляризм, как и документы в бумажном виде. Может быть, перефразировать так: передать бумажные копии документов, передать бумаги (документы)... Нужно подумать над удачным вариантом.