Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Да, деепричастный оборот здесь употреблен правильно. 

Употребление деепричастного оборота, не выражающего действия подлежащего, возможно в безличном предложении при инфинитиве, например: Приходилось работать в трудных условиях, не имея в течение многих недель ни одного свободного дня для отдыха. Если же в безличном предложении нет инфинитива, к которому мог бы относиться деепричастный оборот, то употребление последнего стилистически неоправданно, например: *Уезжая из родного города, мне стало грустно; *Прочитав вторично рукопись, редактору показалось, что она нуждается в серьезной доработке.

В научной литературе на русском языке глубоко укоренена традиция не отбивать пробелом буквосочетание об. от номера листа: л. 15об. Между тем в правилах библиографического оформления такой способ обозначения номера листа архивного дела не обнаруживается. Напротив, в ГОСТ Р 7.0.5–2008 «Библиографическая ссылка. Общие требования и правила составления» находим среди примеров: Л. 18–19 об. Традиция и норма здесь противоречат друг другу. Автор или редактор решает, что ему ближе.

Употребление предлога над в этом случае вполне корректно. Сочетание водрузить знамя на Рейхстаг более многозначно, оно допускает разные варианты размещения знамени на здании. Использование предлога над более конкретно определяет место знамени — в высшей точке, над крышей здания.

Под корректированием обычно понимается только исправление грамматических ошибок и проверка текста на соответствие правилам правописания, т. е. исправление орфографических и пунктуационных ошибок. Редактирование же включает в себя (помимо всего вышеперечисленного) еще и литературную правку текста. Редактор исправляет  стилистические ошибки, устраняет штампы и канцеляризмы, меняет порядок слов и синтаксических конструкций, предлагает более удачное слово и т. п., другими словами, придает тексту стройность, логичность, ясность. Редактирование занимает гораздо больше времени, чем корректура, поэтому естественно, что редактирование стоит дороже.

В кулинарных руководствах можно найти такого рода описание: «Подают торт на стол на специальной подставке — тортнице, представляющей собой плоское круглое блюдо на высокой ножке, иногда с крышкой». Встречаются в печатных изданиях и тортовницы. Два словообразовательных варианта наименования, таким образом, сосуществуют.

Редакторы издания, которое Вы читали, могли снять запятую, руководствуясь следующим правилом: не обособляются распространенные определения, стоящие после определяемого существительного, если последнее само по себе в данном предложении не выражает нужного смысла и нуждается в определении.

Но в академическом издании «Анны Карениной» запятая в этом месте стоит (Толстой Л. Н. Анна Каренина: [Ч. 1—8] // Толстой Л. Н. Анна Каренина: Роман в восьми частях / АН СССР; Изд. подгот. В. А. Жданов и Э. Е. Зайденшнур. — М.: Наука, 1970. — (Лит. памятники). — С. 5—684).