Правильно: действующего. В письменной деловой речи принята норма согласования с названием должности – директор (безотносительно к полу).
Верен второй вариант.
В официальных документах предпочтительна форма мужского рода, то есть следует выбрать первый вариант.
Правильна форма мужского рода: действующий. Сочетание генеральный директор пишется строчными буквами.