Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно: ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...
Так как услуги по перевозке грузов включены в перечень товаров, услуг, закупаемых централизованно в ООО "Ромашка" (Приложение 1), данный лот был снят с рассмотрения...
Предложение не вполне корректно: ошибочно сочетание *условие о чем-л. Корректен такой вариант, например: Результат анализа предложений поставщиков показывает, что наиболее выгодные условия (цена изделия и сроки его поставки) предложило ООО "Ромашка".
Необходимо выделить с двух сторон запятыми определительный (причастный) оборот выданного АО «Ромашка» (далее — Агенту).
Такое рассогласование некорректно.