Предпочтительно склонять фамилию без выпадения гласного: Рожока Владимира. Допустимо также склонение с выпадением гласного: Рожка Владимира. Тип склонения вправе выбрать носитель фамилии.

Корректно без тире.

Запятая не требуется, здесь нет уточнения.

Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.

Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).

Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...