Верно: встроенно-пристроенные помещения. Написание НН совпадает с написанием прилагательного встроенный.

Правильно: пользоваться ею.

В приведенном Вами примере нет ни малейших оснований для запятой.

Правило очень простое: первый глагол в этой паре – класть – употребляется только без приставки, а второй – с корнем -лож- – только с приставками (положить, возложить, обложить и т. п.). Слов покласть и ложить в русском литературном языке нет.

Оборот "тренироваться им пользоваться" неудачен. Лучше: учиться им пользоваться.

Вне контекста эту фразу можно истолковать двояко.

1. Стал пользоваться советами (кого?) живших в монастыре (кого именно?) опытных старцев. В этом случае опытные старцы – приложение, которое лучше отделить знаком тире: Стал пользоваться советами живших в монастыре – опытных старцев.

2. Стал пользоваться советами (кого?) опытных старцев (каких?) живших в монастыре. Старцев – дополнение, живших в монастыре – определение. Тогда запятая не нужна: Стал пользоваться советами живших в монастыре опытных старцев.