Правильно: уплатить, заплатить штраф.
Оплатить ущерб - неудачное сочетание.
Запятую нужно поставить между частями сложного предложения.
Оба варианта правильны. Задолженность можно и погасить, и оплатить.
Глагол оплатить не требует предлога: оплатить проезд, оплатить обучение. Оплатить – внести плату за что-либо.