Во всех случаях верно: крАны, с ударением на первый слог.
Плохо и так и так. Можно использовать графическое сокращение (с точкой): терр. органы.
Вы написали правильно.
Пробел ставится между всеми словами, в том числе между сокращенными. При этом пробел между инициалами имени и отчества, а также между инициалами и фамилией может на практике отсутствовать.
Правильно: Отмечать своё присутствие подписью в специальном журнале, находящемся у охраны ООО.