Главный член односоставного предложения - "не было сочувствия".
Вы правы: ставить эти запятые нет оснований. Корректная пунктуация: Рыцари Ордо Фавинус, Алиса и даже тот путешественник с окружающей его аурой космических глубин — все они очень дороги Альбедо, но учитель занимает в его сердце особенное место.
Фразеологизмы с союзом как не обособляются, поэтому запятая перед как не нужна.
Запятая нужна.
Как... так и – двойной союз. Запятая перед первой частью двойного союза не ставится.