Название должности (начальник РОВД) и звания (полковник милиции) являются неоднородными приложениями и не разделяются запятой, если стоят перед фамилией: начальник РОВД полковник милиции Иванов А. А. Однако в положении после определяемого слова эти приложения становятся однородными: Иванов А. А., начальник РОВД, полковник милиции.
Здесь верно: начальник с подчиненными ушли вовремя. Ср.: начальник ушел с подчиненными.
Если Иванов является директором, то нужно поставить запятую.
Вторая запятая может ставиться для отделения пояснительных конструкций.