Справочные пособия регламентируют подобные случаи. Рекомендуемый вариант написания таков: А вот «Комсомольская...» же «...правда» пишет... Не «Московский...» ли «...комсомолец» напечатал эту статью?
Правильно: Московский казачий кадетский корпус, Университет Российской академии образования. Написание аббревиатуры прописными буквами вовсе не означает, что слова, представляющие собой расшифровку аббревиатуры, также пишутся с прописных букв.
Верно: Мероприятие пройдет в городе Московском, мероприятие пройдет в Московском.
Правила склонения см. в "Письмовнике".