Следует либо поставить точку с запятой, либо разделить предложение на два: Она просачивалась через трещины; как только мальчик шевелился, она исчезала или Она просачивалась через трещины. Как только мальчик шевелился, она исчезала.
Части Вашего сложного предложения должны соединяться союзом чтобы.