Правильно с обеими запятыми.
Эти сочетания нужно писать строчными буквами.
Большая буква – прописная, она же заглавная. Маленькая буква – строчная (ударение на А). Прописной большую букву стали называть отнюдь не в наши дни: еще в словаре В. И. Даля (вторая половина XIX века) читаем: «Прописная буква, большая, красная, заглавная, какая пишется после точки».
Правильно: Вы когда-нибудь задумывались над тем, что такая маленькая часть речи, как предлог, может изменить смысл целой фразы?
Корректно написание со строчной буквы.