Знак в виде буквы, служащий для обозначения сооружений - это литера. Литер - документ, предоставляющий право бесплатного или льготного проезда по железной дороге или на некоторым других видах транспорта (обычно имеющий специальное буквенное обозначение).
Согласование – по слову общество: ООО «Строительная компания "Клевер"» работало...
Эти сочетания пишутся строчными буквами.