Правильно: для Республики Крым и города Севастополя.

Это прилагательное.

Между однородными сказуемыми, соединенными союзом и, запятая не ставится.

После слова например запятую ставить не нужно. Слово например стоит в начале присоединительной конструкции, поэтому от самой конструкции оно не отделяется. 

Оба варианта корректны.

В этом бессоюзном сложном предложении можно оставить запятую как знак перечислительных отношений либо заменить ее на двоеточие, поскольку между первой и второй частью можно усмотреть отношения причины, обоснования (автор считает, что гроза должна прийти, потому что всё ждёт её).

Специального правила для склонения названий пещерных городов Крыма, конечно, нет. Есть общие закономерности склонения и практика употребления. Названия Тепе-Кермен и Бакла склоняются, см., например, статьи в «Большой российской энциклопедии» «Крым» (ср. близ Эс­ки-Кер­ме­на) и «Бакла».

Верно: таможенная очистка.