Запятая не требуется. Название должности генеральный директор пишется строчными.
Верно: Общество с ограниченной ответственностью "Ромашка", находящееся по адресу: г. Самара...
Обособление не требуется: Приглашаем студентов ФГБОУ «Ромашка» Иванова И. К., Петрова О. И. принять участие в финальном туре конкурса.
Правильно: в отсутствие.
В первой фразе знаки препинания не нужны. Вторую желательно перестроить: в заседании комиссии примет участие главный инженер ОАО «Ромашка» Иванов Иван Иванович.