БольшАя часть = значительная; бОльшая часть = более значительная.
Историческое наименование: Ставка Верховного Главнокомандования.
Запятые отделяют определительное придаточное (см. учебник Е. И. Литневской).
Правильно: Когда-то на острове как белых, так и голубых песцов было великое множество.
Запятая нужна.