В обоих случаях кавычки не требуются, если речь идет о неофициальном, разговорном употреблении. При официальном наименовании используется прописная буква: Вторая линия.

Для сочетаний-повторов с приставкой пере- во второй части, имеющих усилительное значение, действует свое правило. В них вторая часть пишется так же, как первая. 

Ср.: латаный-перелатаный, стираный-перестираный, чиненый-перечиненый, читаный-перечитаный, штопаный-перештопаный и заложенный-перезаложенный, решённый-перерешённый.

Согласно словарям русского языка суши (суси) – существительное среднего рода. Можно было написать вторая порция суши бесплатно.

Эти названия изменяются по падежам неодинаково: в первом случае склоняется только вторая часть, во втором – обе части. Правильно: (до) Гусь-Хрустального, но Юрьева-Польского. При этом «неправильно» ведет себя именно Гусь-Хрустальный, т. к. общее правило таково (хотя есть немало исключений): если сложносоставной топоним представляет собой русское или давно освоенное название, в косвенных падежных формах его первая часть должна склоняться: из Камня-Каширского, в Переславле-Залесском, в Могилеве-Подольском, в Ростове-на-Дону. То же в сочетании с родовым термином: в городе Петропавловске-Камчатском, в городе Ростове-на-Дону.

Вторая запятая не нужна. Нет оснований ее ставить.