Запятая нужна.
Если Вы уверены, что предложение выглядит именно так, то да – это частица, она выделяется запятыми: Вам нужно, да, заполнить анкету. Но дело в том, что таким образом предложения строятся довольно редко. Частица да обычно стоит в начале предложения.
Или (если фразу записывали на слух), может быть, имеется в виду дозаполнить анкету?