В этом предложении прилагательное глупенькая — согласованное определение к существительному Катюша. Определение может быть отделено от определяемого существительного другими членами предложения.
С такой практикой согласиться трудно, хотя логика в ней есть: вместо кавычек используется подсветка. Близкий случай — замена кавычек, оформляющих примеры в тексте о языковых явлениях, на выделение курсивом. А если в тексте встретятся названия с гиперссылкой и без нее? Первые будут в кавычках, а вторые без? А если рядом с названиями отелей-кафе окажутся названия магазинов, одни будут выделяться кавычками, а другие — иначе? Возможно, в каких-то случаях замена кавычек на другой способ выделения может быть удачным оформительским решением, но принять такую замену как орфографическое правило нельзя.
Оба предложения корректны. При выборе следует принять во внимание смысловые нюансы, какие могут выражать словосочетания вопрос о ходе реализации и вопрос хода реализации. В первом случае объявляется тема вопроса (какой по тематике вопрос обсуждался); здесь вопрос то же, что пункт в повестке совещания. Во втором случае слово вопрос может быть близко по значению слову проблема; зависимые слова поясняют суть проблемы, трудной задачи.
В обоих случаях перед нами сложное предложение, союз и присоединяет отдельную грамматическую основу в нём, поэтому знак препинания перед союзом нужен. Этим знаком может быть либо запятая (по общему правилу), либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).
Сочетание тем не менее не вводное, запятая после него не ставится.
Допустимы оба варианта. Примите во внимание смысловые особенности предшествующего высказывания (высказываний): если идет речь о чем-то общем, совокупном, то форма единственного числа было может быть предпочтительной; если упоминается нечто разрозненное, то уместной может быть форма множественного числа были.
Если к человеку обращаются по имени, отчеству и фамилии, что традиционно для официального общения, при этом уважительно и вежливо по отношению к собеседнику, необходимость использовать слова господин или гражданин отсутствует. Напротив, формат сокращенного обращения, когда имя и отчество адресата не названы, допускает употребление подчеркнуто официальных слов господин или гражданин в сочетании с фамилией или с наименованием должности. Едва ли есть какие-либо основания расценивать обращение с одним из этих слов как оскорбительное, но несомненно то, что следует уделять особое внимание форме официального обращения к адресату и отчетливо представлять, какое и когда может быть уместным, а у какого есть все шансы быть воспринятым критически или даже иронично.
Конструкция представляет собой сложноподчиненное предложение. Между его частями в общем случае ставится запятая: Если собака, то компаньон. Поскольку в главной части, стоящей после придаточной, есть слово то, может быть поставлено и тире (см. пункт 1 параграфа 124 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Если собака – то компаньон.
Даже если сочетание по-домашнему уютную поясняет определение большую, между ним и определяемым существительным запятая не ставится (см., например, пункт 10 параграфа 10.1 Справочника Д. Э. Розенталя, с примерами типа совершенно другие, мне незнакомые места): Они вошли в большую, по-домашнему уютную гостиную...
Верен второй вариант, поэтому знак нужен. Это может быть либо запятая, либо тире – знак, подчёркивающий значение результата, следствия.