Этот вопрос не собственно лингвистический, он касается, скорее, технического оформления текстов. Известный веб-дизайнер Артемий Лебедев в «Ководстве» дает такую рекомендацию: «Почти во всех случаях знак препинания должен быть того же начертания, что и слово, к которому он примыкает».

Верно написание без кавычек.

Устойчивое сочетание: отложить в долгий ящик.

Да, мужская фамилия Ким склоняется (женская – нет).

Пишутся через дефис сложные слова с первой частью – буквенной или звуковой аббревиатурой. Правильно: ИК-приемник, ИК-связь, ИК-подключение.

В словах памятник, парник, выпускник выделяется суффикс -ник: памятник – архитектурное или скульптурное сооружение в память какого-либо лица, события; парник – помещение, где выращивают ранние овощи, плоды с помощью пара, выпускник – учащийся, которого выпускают (в знач. "доводят до конца обучения") из учебного заведения. Производящие слова здесь – память, пар, выпускать.

Сочетание суффиксов -н- и -ик-, конечно, возможно. Например, в существительном умник два суффикса: ум-н-ик. Умник – умный человек (или тот, кто считает себя умнее других), это слово образовано от умный с помощью суффикса -ик, а умный – от ум.

Можно обращаться к «Толковому словообразовательному словарю русского языка» И. А. Ширшова (М., 2004) и к «Морфемно-орфографическому словарю» А. Н. Тихонова (М., 2002). 

Корректно: Як, Ту.