Мы не рекомендуем использовать слово функционал в значении "совокупность функций", поскольку в словарях такое значение не зафиксировано.
Оба названия надо заключать в кавычки (это названия разных космических кораблей), а между ними ставить тире с пробелами. Что касается порядка слов, то в полном официальном названии программы на первом месте стоит наименование американского корабля, что закреплено и в аббревиатуре ЭПАС: Экспериментальный полет «Аполлон» – «Союз» (так зафиксировано, в том числе, и в «Большой советской энциклопедии»). Однако при написании сокращенного названия в русских текстах принято: программа «Союз» – «Аполлон».
Такое сочетание возможно. Ср.: «Здесь, ― помотал он рукою над головой, ― не школьный класс, не клуб с танцами и девочками». В. Астафьев, Прокляты и убиты.
