В слове кран-букса склоняется только вторая часть: кран-буксы, кран-буксе и т. д.
Слова с приставкой чрез(чрес)-: чрезмерный, чрезвычайный, чрезбрюшинный, чрескожный, чресседельный.
Следует писать слитно: Признать недействующими...
В приведенных Вами названиях второе слово должно начинаться с прописной буквы: мкр-н Чистые Поляны, мкр-н Красный Ключ.
Предпочтительно: Три части: введение, основная часть и заключение — следуют друг за другом.