Двузначное число - корректное сочетание. Но "двузначное число процентов" - неудачно (непонятно, на сколько именно процентов - на 10? на 99?).
Названные вами сочетания со словом цифра корректны, хотя употребление цифра в значении "число" может иметь разговорный оттенок.
Нет, запятую ставить не надо.
Это значит, что имеется в виду притяжательное местоимение их (оно дано в словаре под цифрой 2).
Кавычки не нужны, при этом такое употребление возможно лишь в разговорной речи.