Правилен второй вариант.
Запятая не нужна, так как союз и соединяет части сложносочиненного предложения, но имеется общий второстепенный член в ходе расследования.
Вы расставили знаки препинания верно, хотя лучше было бы изменить порядок слов: В ходе вебинара девелоперы обсудили, как эффективно контролировать поставки и управлять логистикой.
Дополнительные знаки препинания не нужны.
Предпочтительно обособление обстоятельственного оборота с производным предлогом в соответствии с, находящегося между глаголом-сказуемым и прямым дополнением: В ответ на ваше письмо №...... направляем, в соответствии с установленной формой, информацию о ходе.... Об условиях обособления подобных оборотов см. в «Справочнике по пунктуации».
Нет, запятая не нужна.