Запятая нужна.
Лучше: ждем ваших заявок.
Допустимо.
При адресовании письма одному лицу уместно написание с прописной буквы, при адресовании нескольким лицам - со строчной.
Счет-фактура мужского рода. См. в окне «Искать на Грамоте».
Следует писать строчными буквами.
Запятая поставлена правильно.