Верно: Аллах акбар!
Правильно: Санкт-петербургский филиал (в начале предложения), санкт-петербургский филиал (в середине предложения).
Если цифр в числе пять и больше, то, как правило, используются пробелы, отделяющие по три цифры справа: 89 645, 4 028 880.
Верно: в филиале.
Со строчной в следующих случаях: филиал ОАО «Весна», тамбовский филиал ООО «Лето».
Корректно: филиал "Завода", филиала "Завода", филиалу "Завода".
Правильно: в городе Екатеринбурге. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Обособление не требуется.