Непонятен контекст, имеется в виду представить кому-то документы?
Верно: Герой Советского Союза летчик, подполковник ФИО.
Обычно в таких случаях перед именем запятая не ставится, но для точно ответа нужно знать контекст.
Предлог изо употребляется: 1) перед формами родительного падежа слов лев, лёд, лён, лоб, ложь, мох, ров, рожь, рот: рубашка изо льна; 2) в устойчивых сочетаниях изо дня в день, изо всех сил. В сочетаниях со словами всего, всей, всех употребляются оба предлога - из и изо: дует из всех щелей и изо всех щелей.
Порядок "Фамилия И. О." соблюдается при именовании адресата в деловых документах. В большинстве остальных случаев принят порядок "И. О. Фамилия".
Нет, приложение нужно согласовать с определяемым словом.
Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится: Скоординировать свои действия преступники могли, только находясь в СИЗО.
Правильно: им руководит.