Запятая не нужна, так как две однородные придаточные части связаны союзом не только..., но и...
В обоих случаях нужна частица НЕ.
Верен первый вариант.
Вам помогут правила С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации». (параграф 48).
Перед однородными именными сказуемыми, соединенными двойным союзом не только... но и (здесь именно такой союз), ставится тире: Левитан — не только великолепный художник-пейзажист, но и талантливый наставник. Обратите внимание: сочетание художник-пейзажист пишется через дефис, который не отбивается пробелами.
Если автор или редактор/издатель вставляет в цитату свой текст, поясняющий в ней предложение либо отдельные слова, то этот текст помещают в квадратных (прямых) или угловых скобках: "Я просто думал, что они опубликуют [только] свою часть", — сказал он или "Я просто думал, что они опубликуют <только> свою часть", — сказал он.