Все определения можно считать однородными, в этом случае они разделяются запятыми.

Поскольку предложение завершается не сокращением и др., а ссылкой в квадратных скобках, завершающую точку после скобки целесообразно поставить.

Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.

Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.

Эти слова пишутся строчными буквами.

В религиозном контексте - Судный день (последний день существования мира).

Заглавная и прописная буква – это одно и то же. Это большая буква. Маленькая буква – строчная.

Сочетания ученый совет, ученый секретарь пишутся строчными.