При аббревиации тире опускается: МОУ ООШ села Семеновка.
Склонять название Хаджалмахи не следует.
Это название склоняется.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (как в приведенном примере). Поэтому верно: в селе Николаевка.
Корректно: поеду в село Шира, поеду в Ширу.