Склонение мужской фамилии Топал обязательно. Правильно: тетрадь Топала Петра.
В этих случаях кавычки будут уместны.
Верен первый вариант.
Постановка запятых не требуется.
Если имеется в виду музей, следует писать с большой буквы: Домик Петра I.
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2003) варианты исчисляться чем и во что приведены как равноправные.
Правильно: самарцы, видновчане и видновцы. См.: И. Л. Городецкая, Е. А. Левашов. Русские названия жителей. Словарь-справочник. М., 2003.
Эта фамилия склоняется как нарицательное существительное опара.