Лучше так: Финансирование составляет 3 млн рублей из федерального бюджета и 2 млн рублей из областного бюджета.
Предпочтительно без предлога: с бюджетом 5000 рублей.
Правильно: штраф в размере трех тысяч рублей.
Правильно: в размере тридцати двух тысяч пятисот рублей.
Существительным управляет дробная часть: 6,90 рубля (девяносто сотых рубля). Но лучше: 6 рублей 90 копеек.