Корректная пунктуация: Антон Антонович был, несмотря на небольшие нарушения, хорошим городничим. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).
Корректно: мой дядя Генри и моя тетя Мария; мои дядя Генри и тетя Мария.
Нет нужды писать уважение с большой буквы.
Поскольку здесь сказуемое следует за подлежащим (см. § 2246 Русской грамматики 1980 г.), а также подчеркивается, что действующие лица были разные, необходимо множественное число сказуемого: И Антон, и Роман писали диссертацию.
Смысл предложения не совсем ясен, но если имеется в виду "так как Мария была молодой женщиной, она отметила его воспитанность", то запятые нужны.
Правильно: книги Эриха Марии Ремарка.