В предложении нужны запятые между однородными дополнениями, соединенными повторяющимся союзом и: Поставили елку и нарядили ее игрушками, и орехами в фольге, и фруктами.
Грамматически правилен второй вариант. Если речь идет о договоре между учреждением и И. И. Ивановым, то вторая запятая не нужна, или, если предложение продолжается, она должна стоять после И. И.: Договор, заключенный учреждением с ИП Ивановым И. И., был передан...