Выбор варианта зависит от смысла. Если имеются в виду выпускники программы, то верен первый вариант. Если подготовка по программе, то второй.
А зачем заменять это слово? Его употребление корректно.
Эти сочетания синонимичны.
В обоих случаях корректно испозование предлога о.
Если речь идет о документации, то верно: её подготовки.
Здесь необходимо тире.