Правильно: по счетам-фактурам.
Возможны варианты: продвижение по службе и повышение по службе.
Согласно словарю «Русское словесное ударение», верно: по три (рассчитаться по три, всем взять по три рубля), но: по три-четыре рубля, по три или четырерубля, по три рубля пятьдесят копеек.