Запятая нужна.
Корректен первый вариант.
Предпочтительный вариант: в ходе реализации проектов.
Оба варианта могут быть правильными, но они используются в разных контекстах.
Обе указанные запятые нужны.
Запятая после можно подумать нужна. Тире поставлено правильно.