Такой вариант расстановки кавычек допустим. Но если есть возможность, лучше использовать кавычки разного рисунка: ООО «Научно-технологическая фармацевтическая фирма "ПОЛИСАН"».
Постановка запятой уместна.
Эти слова в целом не входят в антонимические отношения, не образуют антонимических пар.