Можно оплатить счет, заплатить по счету.
Верно: в течение трех дней.
Все три варианта корректны. Выбор может зависеть от ситуации и контекста.
Запятая не нужна.
Ошибка здесь: оплатить за. Так нельзя говорить и писать. Правильно: оплатить что-либо, заплатить за что-либо.