Корректно: в городе Иркутске, на озере Титикака.

Верно: город мозаик Мадаба.

Возможны оба варианта, предпочтительный: Вдали виднелся темный лес и озеро.

Оба варианта возможны.

Справочные пособия рекомендуют согласовывать с родовыми наименованиями названия озер и островов, выраженные полными именами прилагательными. См. «Справочник по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя (раздел «Согласование определений и приложений», параграф «Приложения – географические названия») и «Словарь географических названий» А. В. Суперанской (М., 2012).

В практике письма наблюдаются колебания. Так, Д. Э. Розенталь приводит два примера из одной статьи К. Симонова: Длина острова Даманского – полтора километра и Провокации происходили и около острова Даманский, и в тридцати километрах оттуда.

Правильно: три рукотворных озера.