Корректно: Постепенно, день за днём ты будешь становиться мудрее.
Здесь верно: Что же делать с трупом, как не хоронить его?
Возможный вариант пунктуации:
Участвовавшие в собрании солдаты не встали, как положено при появлении Главнокомандующего.
Запятые не нужны: как инструкцию к действию = 'в качестве инструкции к действию'.