В корне этих слов мы наблюдаем остатки древнего чередования гласных, которое когда-то было показателем глагольного вида. Ср.: глотка – проглатывать, смотр – просматривать, поздно – опаздывать.

С точки зрения орфографии слова с подобными корнями требуют примечания к правилу о проверке безударных гласных: нельзя проверять безударные о и а в корне словами с суффиксом -ива-(-ыва-). Например, глотать проверяем словом глотка, но не проглатывать, смотреть – словом смотр, но не осматривать, опоздать – словом поздно, но не опаздывать.

Кавычки не нужны: никаких но.

На месте "беглых" гласных, действительно, располагался Ъ или Ь. Но не "болгарский".

После союза но запятая ставится при наличии паузы и не ставится, если паузы нет. Решение принимает автор текста.

Для ответа на Ваш вопрос нужен более широкий контекст.