Большая часть материалов старого сайта перенесена на новый, многое готовится к переносу. Если у Вас есть предложения, как улучшить сайт, пишите нам. Мы сейчас анализируем все конструктивные пожелания пользователей и работаем над улучшением навигации. Прежняя версия сайта некоторое время будет доступна.
Дополнительные знаки препинания не нужны.
Это однородные придаточные, запятая перед и не нужна.
Почему — местоименное наречие, функция дополнения для него не характерна, поэтому кавычки нужны.