Верно: над г. Москвой.
В этом фрагменте нет оснований для запятой.
Верно раздельное написание: техногенно измененные.
Название должности (директор) и ученая степень (доктор) запятой не разделяются (это неоднородные приложения).
Эта часть названия, как и первая, не склоняется.
Верно: Вера сочинила, и распечатала, и дала почитать подруге новый рассказ.