Согласно современным словообразовательным словарям в слове пренебрегать приставка пре- не выделяется, корень — пренебрег-. Исторически слово пренебрегать образовано с помощью приставок пре- и не-, которые присоединялись к производящей основе бере- (глагол беречь), в процессе образования производного слова в основе происходили чередования (см. ответ на вопрос № 318502). При собственно морфемном анализе выделяют все узнаваемые морфемы в слове, в частности — приставку пре- в слове пренебрегать. Это различие в членении слова отражено в этимологических, словообразовательных и морфемных словарях.
Слово пренебрежение образовано от глагола пренебрегать при помощи суффикса -ени[j], который придает значение ‘характеризующийся действием, названным производящим глаголом’. Словообразовательный процесс сопровождается усечением инфинитивной основы и чередованием согласных в корне. При анализе структуры слова членение на морфемы аналогичным образом зависит от типа анализа: при собственно морфемном и историческом анализе приставка пре- выделяется, при синхроническом словообразовательном — нет.
Наречие пренебрежительно имеет значение ‘с пренебрежением’, образовано от прилагательного пренебрежительный. Вопрос о выделении/невыделении приставки пре- также зависит от типа анализа.
Пишется слитно, так как это наречие, обозначающее меру, степень проявления чего-либо. На сколько — это сочетание предлога с числительным, допускающее последующее существительное в родительном падеже: На сколько дней приехали суровые челябинские мужики?
Слово кстати в этом предложении действительно является наречием. Сочетание кстати и некстати входит в ряд обстоятельств, зависящих от сказуемого втискивали. Эти обстоятельства представлены как дополнительная информация, добавочные сведения (= «всюду втискивали науку, причем кстати и некстати...»), то есть представляет собой присоединительную конструкцию. Добавим, что, поскольку эта конструкция включена в предложение без союзов, предпочтительно было бы поставить тире: ...мы всюду втискивали науку — кстати и некстати, с умыслом и без умысла, искусно и неискусно. Впрочем, запятая в этих случаях также используется, и она не ошибочна.
Наречие легитимно существует. Можно встретить такие обороты: легитимно избрать (избранный), легитимно бороться, легитимно действовать. Значение этого наречия соотносительно со значением прилагательного легитимный, от которого оно образовано: 'законно', 'соответственно закону'.
Наречие впоследствии пишется именно так, как Вы написали.
Если имеется в виду сначала (сперва) было колесо, то уместно использовать наречие вначале, которое пишется слитно. Если подразумевается, что колесо располагалось в начальной части чего-либо, нужно использовать сочетание предлога с существительным начало.
В предложении Мальчик стоял, оцепенев от холода запятая нужна: оцепенев от холода — это деепричастный оборот.
При причастии подготовленные имеется зависимое слово (наречие) теоретически, поэтому корректно раздельное написание: Не приступайте к тестированию не подготовленными теоретически.
Наречие перво-наперво в предложении выполняет функцию обстоятельства и, как любое обстоятельство, выраженное наречием, не требует обособления. В контексте оно может быть выделено запятыми или тире «для смыслового подчеркивания» (см. параграф 77 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
1.1. Продуктивные отложения представлены гравийно-галечным материалом... Слово гравийно-галечный содержится в нормативных словарях, пишется через дефис.
1.2. ...характеризуются как хорошо промывистые. Наречие хорошо с прилагательным пишется раздельно.
2. Поверхность мелкозернистая, мелкоямчатая... Слово мелкозернистый содержится в нормативных словарях, аналогично пишется терминологическое прилагательное мелкоямчатый.
3. Торфы глубокозалегающей россыпи... Слово глубокозалегающий содержится в нормативных словарях, пишется слитно.
Для справки рекомендуем пользоваться Орфографическим академическим ресурсом «Академос».