Заглавная и прописная буква – это одно и то же. Это большая буква. Маленькая буква – строчная.
Сочетания ученый совет, ученый секретарь пишутся строчными.
1. Предпочтителен второй вариант. 2. Возможны оба варианта.
Корректно: Музейный фонд пополнился рядом предметов, привезенных сотрудниками музея из командировок.
Следует писать раздельно: еще не изученный.