Запятая перед соответственно не нужна. Сказуемое лучше поставить в форму множественного числа, а знак % отделить пробелом: Чувствительность и специфичность метода составили 62,5 % и 60,8 % соответственно.
Пунктуация верна, но предложение построено неудачно.